Charles Garnier naît à Paris en 1606 et baptisé à la paroisse Saint-Gervais le 25 mai.
Il était le second fils de Jean Garnier, sous-secrétaire du cabinet d’Henri III puis maître des comptes en Normandie, et d’Anne de Garault, issue d’une famille noble d’Orléans. 

Après avoir fréquenté le collège de Clermont, à Paris, dirigé par les Jésuites, il entra au noviciat de la Compagnie de Jésus en 1624. 
Ordonné prêtre en 1635, il fut désigné pour les missions de la Nouvelle-France et débarqua à Québec en même temps que le gouverneur Huault de Montmagny, le 11 juin 1636. Dès le mois de juillet, accompagné du père Pierre Chastellain, il gagna le pays des Hurons. Arrivé dans la baie Georgienne, il est surnommé Ouracha par les Hurons, car sa venue coïncide avec la fin d'une longue période de sécheresse. 

En 1639 et 1640, il passa l’hiver chez les Pétuns qu’il tenta vainement de convertir. De 1641 à 1646, Garnier fut employé à la mission de Saint-Joseph de Téanaostaiaé, auprès du clan de la Corde. Enfin, à l’automne de 1646, il fut de nouveau envoyé auprès des Pétuns, sur les bords de la baie Georgienne, et y fonda une mission florissante cette fois ; c’est là qu’il trouva la mort, lors de la destruction de la Huronie. Frappé par balles sur la poitrine et l'abdomen par les Iroquois dans l’assaut du village de Saint-Jean, le 7 décembre 1649, son dernier geste fut d'absoudre un Indien qui mourait auprès de lui, après quoi il reçut un coup de tomahawk sur la tête. On retrouva son corps à quelques pas des ruines de sa chapelle. 

Il avait une grande dévotion pour la Vierge Immaculée et son martyre a lieu la veille de la fête de l'Immaculée Conception (8 décembre). Les lettres qu'il écrivit à son frère, un frère carme, révèlent sa sainteté.

Charles Garnier et 7 sept autres missionnaires jésuites, ont été béatifiés le 21 juin 1925 et canonisés  le 29 juin 1930, par Pie XI (Ambrogio Damiano Ratti, 1922-1939). 
Le Vénérable Pie XII (Eugenio Pacelli, 1939-1958) a déclaré les saints martyrs canadiens, Patrons secondaires du Canada. 

La célébration liturgique des 8 saints martyrs canadiens a lieu le 26 septembre au Canada (solennité) et le 19 octobre dans l'Église universelle.

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