Pierre Favre naît le 13 avril 1506 dans le village du Villaret (Savoie, alors dans le diocèse de Genève), dans une famille nombreuse de bergers. 

 À 10 ans, il apprit les rudiments de la grammaire et du calcul à l'école de Thônes. Très vite, l'élève manifesta une vive intelligence servie par une mémoire fidèle, si bien qu'à la rentrée de l'automne 1517, Pierre entra au collège de la Roche-sur-Foron. 

En 1525, encouragé également par son oncle, Dom Mamert Favre, prieur de la chartreuse du Reposoir, qui finança la suite de ses études, il partit étudier à Paris au collège de Montaigu mais il passe rapidement au Collège Sainte-Barbe où il a François Xavier comme camarade de chambre. Peu après un troisième élément, Ignace de Loyola, les rejoint. Alors que François Xavier est plus réservé, une profonde amitié se lie entre Pierre et Ignace. Le premier devient le répétiteur du second et Ignace, qui a déjà 34 ans et une grande expérience spirituelle, aide Pierre à surmonter ses tentations et ses scrupules.

En 1530, Pierre Favre est bachelier ès Arts et poursuit sa licence en théologie. En 1534, il suit ses Exercices spirituels sous la direction d’Ignace de Loyola et pénètre si profondément dans cette voie vers Dieu que, plus tard, Ignace le reconnaîtra comme celui qui donne le mieux les Exercices spirituels.

Ordonné prêtre le 30 mai 1534 par le cardinal Jean du Bellay, il fut le premier prêtre de la Compagnie de Jésus. Lorsque, le 15 août 1534, le groupe des sept « Amis dans le Seigneur » rassemblés par Ignace de Loyola monte à la chapelle St-Denis à Montmartre pour se consacrer à Dieu par les vœux de pauvreté et chasteté, c’est Pierre Favre qui célèbre la messe et reçoit leur engagement religieux et apostolique. Peu après, il remplace également Ignace à la tête du groupe lorsque ce dernier doit faire un séjour dans son pays natal pour des raisons de santé. Trois nouveaux compagnons sont alors reçus par Favre dans le groupe : Jean Codure, Claude Le Jay et Paschase Broët.
En 1536, Favre obtient sa maîtrise en arts.

En janvier 1537, tous les « Amis dans le Seigneur » - ils sont alors onze - se retrouvent avec Ignace à Venise. Ceux qui sont prêts sont alors ordonnés prêtres. Le séjour à Venise, avec une aide portée aux malades des hôpitaux des villes avoisinantes, est la dernière préparation spirituelle avant de se rendre à Rome pour se placer au service de l'Église et du Pape.

Arrivé dans la ville éternelle en 1538, Pierre Favre y enseigne pour un temps la théologie à l'université « La Sapienza » tout en préparant avec les autres le projet de fondation de la Compagnie de Jésus qui sera approuvé le 27 septembre 1540 par le pape Paul III (Regimini militantis ecclesiae).

Immédiatement après, fin 1540, Favre commence une vie itinérante missionnaire, parcourant les principaux pays d'Europe et travaillant au renouvellement spirituel et à la réforme du catholicisme. Il est d’abord à Parme où durant 18 mois il donne les Exercices spirituels et réforme plusieurs couvents et monastères.
Le pape l’envoie ensuite aux colloques de Worms et Ratisbonne, en Allemagne. Les contacts avec les protestants n'étaient pas encore rompus : on espérait y trouver un accord qui éviterait le schisme. Le colloque fut un échec mais le séjour de Favre en Allemagne lui ouvrit les yeux : l'ignorance religieuse du peuple chrétien et l'immoralité du clergé étaient les causes principales du progrès du protestantisme. 

Favre fait ensuite un voyage en Espagne puis, en 1542, il est de retour en Allemagne, à Spire et Mayence, où il donne les Exercices Spirituels, entre autres, au printemps 1543, à Pierre Canisius qui entrera plus tard dans la Compagnie de Jésus. 

À la demande du Pape Paul III (Alessandro Farnese, 1534-1549), Pierre Favre se rend à la cour du Portugal pour une mission spéciale. En Espagne, en 1545, il fonde des communautés jésuites à Valladolid et Alcala; mais ces voyages incessants minent sa santé. Rappelé à Rome pour s'y préparer à participer comme légat du pape au concile de Trente, Pierre Favre s’éteint épuisé le 1er août 1546 dans les bras mêmes, dit-on, d’Ignace de Loyola.

Mort à 40 ans, Favre est moins connu que d’autres parmi les premiers compagnons jésuites. Cependant, il occupe une place très importante dans l’histoire de la fondation de la Compagnie de Jésus ; d'abord parce qu'il faisait partie du noyau initial des trois « Amis dans le Seigneur » fondé dans la chambre du Collège Sainte-Barbe à Paris avec Ignace de Loyola et François-Xavier, ensuite parce qu'Ignace de Loyola avait la plus grande confiance en lui. 

Pierre Favre n’était ni un philosophe, ni un théologien, au sens technique du mot. Les seuls écrits qu'il nous ait laissés sont ses lettres et un Mémorial qui est une autobiographie spirituelle, rédigée de 1542 à 1545 dans laquelle il fait une approche du divin par le biais de l'affection intime et du sentiment. Il n'hésitait pas à s'adresser directement au Christ et aux anges, comme dans l'extrait ci-dessous, où il raconte son installation dans une nouvelle demeure :
« Dans chaque pièce et dans chaque salle de la maison, je dis à genoux cette prière : “Visitez cette demeure, nous vous en prions, Seigneur ; écartez d'elle toutes les embûches de l'ennemi, pour que vos saints anges y habitent et nous gardent dans la paix, et que votre bénédiction soit sur nous à jamais, par le Christ notre Seigneur.” Je le fis avec une vraie dévotion et avec le sentiment qu'il était convenable et bon d'agir ainsi en entrant pour la première fois quelque part. J'invoquai ensuite les anges gardiens des voisins et je sentis que cela était convenable et bon quand on change de quartier. Je priai pour que mes compagnons de logis et moi, nous n'ayons à subir aucun mal de la part des mauvais esprits du voisinage et tout spécialement celui de la fornication »

Pierre Favre, béatifié le 05 septembre 1872 par le Bx Pie IX (Giovanni Maria Mastai Ferretti, 1846-1878), a été canonisé (canonisation équipollente) par le Saint Père François le 17 décembre 2013 (la canonisation équipollente signifie que le Pape étend d’autorité à toute l’Église le culte, à travers l’inscription de sa fête, avec messe et office, dans le calendrier de l’Église universelle). Les Jésuites le fêtent le 2 août.

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